過去已知糖尿病患者可能和肥胖有相關，而根據過去接受減肥繞道手術患者(Roux-en-Y gastricbypass)的經驗發現血糖可以在繞道手術後(二十四小時內)快速改善， 推測可能的機轉有兩個，其一是繞道手術使得吃進去的食物不會經過十二指腸，而直接進入較遠端的小腸，使得養份不會被十二指腸吸收，因此一些體內刺激血糖升高的激素，如昇糖素(glucagon)等，就較不會分泌，使得血糖得以下降；另一說法則是繞道手術使得吃進去的食物還未消化就到達小腸末段，使得一些抑制血糖的激素分泌增加，如腸泌素(Incretin) 等，使得血糖降低；因此近年來有越來越多的患者接受繞道手術來治療糖尿病，也確實獲得很好的療效，但手術畢竟有風險，因此最近有些學者基於繞道手術的概念，試圖發展內視鏡等侵入性較低的治療方式，根據近年來的努力，目前國外已發展出一個特殊的塑膠套管(Duodenal–Jejunal Bypass Liner 如圖)，可以利用內視鏡將之放置於十二指腸至空腸之間，使得吃進去的食物不會被十二指腸吸收，而直接進入較遠端的小腸，就如同繞道手術一般，研究發現在老鼠身上植入此裝置確實可以有效改善糖尿病及代謝症候群(參考文獻:Gut, in press)，在人體上也陸續有許多文獻被發表，發現此一內視鏡的治療方式，在套管置入的半年期間，不但可以有效、且快速地降低血糖(平均HbA1C從8.4%下降至7.0%)，改善腸道激素的分泌，更可以增加胰島素的感受性(insulin sensitivity)並降低體重 (BMI平均下降4kg/m2)；而此一裝置在歐洲已經上市，但長期的治療效果仍待進一步追蹤研究。
脂肪肝(Non-alcoholic fatty liver disease, NAFLD) 是一個常見的疾病，尤其在肥胖的人容易產生，它代表著代謝症候群(Metabolic syndrome)患者的肝臟病態表現，但是也不是所有肥胖的人都有脂肪肝，而且有些人更是怎麼吃都不會胖也都不會出現脂肪肝；由於近年來關於腸道的細菌相(Intestinal microbiota)的研究越來越多且越深入，因此有些學者推測肥胖及脂肪肝也許和腸內細菌的生態有關，所以先利用老鼠來作實驗，先將老鼠餵食高脂肪飲食(high fat diet)，之後再從其中選取出兩隻老鼠，一隻是在餵食後會出現明顯高血糖及高血清中發炎激素(pro-inflammatory cytokine )者，稱為有反應者(responder)，另一隻是則是在餵食後不會出現這些現象者，稱沒有反應者(non-responder)；將這兩隻老鼠的腸內菌，分別轉殖入另兩隻吃不胖的老鼠腸子，結果發現殖入有反應者(responder)細菌的老鼠，也會出現高血糖、高血酯及脂肪肝，但相反地，殖入沒有反應者(non-responder)細菌的老鼠卻不會出現這些代謝症候群的表現，這些發現也印證了，腸道細菌相(Intestinal microbiota)的組成差異可以決定對於高脂肪飲食(high fat diet)的反應，而且也和脂肪肝的發生有關，因此，也許未來可以發展一些藥物或益生菌，藉由改變腸內細菌的生態來治療脂肪肝及代謝症候群，而這有賴於進一步在人類相關的腸內菌相研究。
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